just_a_nice_goat, post:1, topic:131709 a écrit:
Bonjour,
Salut,
just_a_nice_goat, post:1, topic:131709 a écrit:
-Ajout de la coiffe Me-G-PPP en 5’ :
Je ne comprends pas bien le processus par lequel on passe pour obtenir le Cap 0, 1 et 2. En fait, j’ai un peu de mal avec les termes phosphatase, guanylyl transférase et méthylase…De plus, je voudrais savoir ce que sont les phosphates γ, β et α. Je n’ai pas de définition des ces termes dans mon cours.
Alors la nomenclature des phosphate fait référence à leur position par rapport au squelette carboné du nucléoside (sucre + base), soit α, β et γ à partir du carbone 5 du ribose. Le plus proche est le α, puis le β et le γ en bout de chaîne. La coiffe/cap, c’est une 7-méthyl-guanosine portée par le Phosphate γ en 5’ de l’ARNpm. La cap 1 et 2 correspondent à des modifications post-transcriptionnelles du ribose avec des hydroxylations; je n’en ai pas entendu parler depuis quelques années, pas certain que ce soit crucial sauf si tu as des exemples biologiques pour exposer cette notion en synthèse/colle ?
just_a_nice_goat, post:1, topic:131709 a écrit:
-Ajout de la queue poly A :
Mon cours dit que l’ajout de la queue poly A se fait en deux étapes
. La première étape : une endonucléase clive le transcrit à environ 15-20 nucléotides après la boite de polyadénylation AAUAAA et élimine l’extrémité 3’ du transcrit primaire par hydrolyse de la liaison phosphodiester.
On est censé ajouter une queue, pourquoi y a-t-il un clivage ? Pourquoi l’endonucléase va cliver le transcrit ? Je ne comprends pas bien également où a lieu ce clivage.
. La deuxième étape : la poly A polymérase ajoute des AMP (adénylates) en utilisant l’énergie libérée par l’hydrolyse d’ATP. Elle agit sans matrice mais utilise l’extrémité 3’OH du transcrit comme amorce.
Cette deuxième étape me parait floue, pouvez vous m’éclairer s’il vous plait ?
Tu fais appel à mes lointains souvenirs mais il me semble qu’au cours de la transcription, l’ARNpol va plus loin que nécessaire, enfin plus loin que la polyA box. Une endonucléase clive le transcrit après AAUAAA. Il me semble que c’est une histoire à la fois de gène stérique et aussi reconnaissance de la boîte. En fait, d’autres protéines interviennent pour l’ajout de la queue polyA et ces protéines doivent reconnaître la boîte AAUAAA, dont PABP. La reconnaissance est moins efficace voire impossible si cette séquence est « encombrée », « cachée » par une longue séquence en 3’ d’où le clivage. Info à vérifier, ça fait bien 2 ans que j’ai pas traité ce sujet.
Pour le second point, l’hydrolyse de l’ATP en AMP + PP libère l’énergie nécessaire à l’enzyme pour ajouter cet AMP à l’extrémité 3’OH de l’ARNpm. C’est une réaction de condensation où le O du 3’OH est lié covalemment au Phosphate de l’AMP qui vient d’être ajouté (et ainsi de suite pour tous les A ajoutés).
just_a_nice_goat, post:1, topic:131709 a écrit:
Merci de votre attention,
Bonne journée
J’espère avoir été clair, n’hésite pas s’il y a une incompréhension, ça me force à mobiliser mes souvenirs de bio ^^
