Banque PT Modélisation PT 2023Sujet et rapport du jury
- Mécanique du point : forces de rappel élastique
- Physique statistique : forces entropiques
- Optique et champ électrique non uniforme
- Traitement numérique de données (régression linéaire, intégration numérique)
- Programmation Python (listes, matrices, complexité)
Téléchargements
- Corrigé : pas encore disponible
Présentation du sujet
DifficileÉlasticité de l'ADN et mesure par pince optiqueAfficher ou masquer la section
Présentation du sujet
DifficileLe sujet, en deux parties indépendantes, propose d'aborder les méthodes utilisées pour prédire et mesurer les propriétés mécaniques de l'ADN. La partie modélisation étudie l'élasticité de brins d'ADN courts puis longs et le principe d'une pince optique. La partie informatique porte sur le calibrage du dispositif de piège optique utilisé pour ces mesures.
- 1Partie I : modèle naïf de l'élasticité de brins d'ADN courtsModéliser un brin d'ADN court par une succession de ressorts pour en déduire sa force de rappel élastique.
- 2Partie II : élasticité d'un long brin d'ADNModéliser un long brin d'ADN comme une chaîne de bâtonnets rigides soumis à des forces entropiques.
- 3Partie III : manipulation des molécules d'ADNComprendre le principe d'une pince optique piégeant une bille de polystyrène par un faisceau lumineux.
- 4Partie Informatique : calibrage du dispositif de piège optiqueCalibrer numériquement le dispositif de mesure de force par deux méthodes, en exploitant régressions, intégration numérique et calcul matriciel.
Difficile. Le rapport indique que la partie physique n'a globalement pas été traitée avec succès par beaucoup de candidats, le calcul vectoriel faisant défaut, alors que la partie informatique a montré une amélioration dans l'écriture du code.
Ce qu'a observé le jury
4 erreurs relevéesFormalisme vectoriel non adopté · Analogie électronique erronée · Unités des coefficients non préciséesAfficher ou masquer la section
Ce qu'a observé le jury
4 erreurs relevéesLe sujet proposait de nombreuses questions très proches du cours et quelques questions plus difficiles permettant de distinguer les bons candidats. La tendance selon laquelle la partie informatique est mieux traitée que la partie physique se vérifie à nouveau cette année.
Les erreurs les plus sanctionnées
- 1Formalisme vectoriel non adoptéQ1
L'expression d'une force élastique sur un point n'est pas acquise pour la grande majorité des candidats, qui n'adoptent pas un formalisme vectoriel.
- 2Analogie électronique erronéeQ2
L'analogie avec l'électronique pour les ressorts série et parallèle est souvent invoquée de façon erronée, et les explications littéraires proposées sont très rarement correctes.
- 3Unités des coefficients non préciséesQ18
La majorité des candidats répondent à la question 18 sans préciser les unités des coefficients identifiés sur la courbe.
- 4Minimum cherché sans annuler les dérivées partiellesQ23
Une infime minorité de candidats pense à annuler les dérivées partielles d'une fonction pour déterminer un minimum.
Ce qui a été bien réussi
- Les questions 10 et 11 ont été abordées avec succès par la majorité des candidats.
- La notion de polarisation et de direction de propagation semble bien maîtrisée à la question 12.
- Les questions 20, 21, 26, 27, 30 et 31 de la partie informatique ont globalement été bien traitées.
Conseils du jury
- Adopter systématiquement un formalisme vectoriel pour les questions de mécanique du point.
- Appuyer toute réponse rédigée en français sur des équations mathématiques modélisant la réalité physique.
- Préciser les unités des coefficients obtenus à partir de courbes expérimentales.
- Exploiter la documentation numpy fournie pour la transposition ou l'inversion de matrices.
Synthèse rédigée par WikiPrépa à partir du rapport officiel du jury (à télécharger en PDF). Les citations sont extraites du rapport.
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Epreuve d'Informatique et Modélisation de Systèmes Physiques
L'usage de calculatrices est interdit.
AVERTISSEMENT
Un document en annexe se trouve en page 16 du sujet.
CONSIGNES:
- Composer lisiblement sur les copies avec un stylo à bille à encre foncée : bleue ou noire.
- L'usage de stylo à friction, stylo plume, stylo feutre, liquide de correction et dérouleur de ruban correcteur est interdit.
- Remplir sur chaque copie en MAJUSCULES toutes vos informations d'identification : nom, prénom, numéro inscription, date de naissance, le libellé du concours, le libellé de l'épreuve et la session.
- Une feuille, dont l'entête n'a pas été intégralement renseigné, ne sera pas prise en compte.
- Il est interdit aux candidats de signer leur composition ou d'y mettre un signe quelconque pouvant indiquer sa provenance.
Partie Modélisation
-
A⃗ ∧ B⃗ : produit vectoriel deA⃗ avecB⃗ -
A⃗ ⋅ B⃗ : produit scalaire deA⃗ avecB⃗ -
(∂A)/(∂x)|_(x_0) : dérivée partielle deA par rapport àx , évaluée enx_0

Partie I : Modèle NaïF de l'Élasticité de brins d'ADN courts (<30 paires de bases)
.jpg)

- Les deux points (
A etB ) sont déplacés de leur position au repos. Faire l'inventaire des forces qui s'exercent sur le point A. Donner leur expression vectorielle. Faire de même pour le point B. Donner vos réponses en fonction dex_1, x_2 et des paramètres de l'énoncé.
2. Montrer que tout se passe comme si le point
3. Quelle est la raideur d'un brin de séquence : GCTGAGG?

4. Quelle est la raideur d'un double brin constitué de 7 paires de bases, exprimée en fonction de
.jpg)
- Sur quel domaine d'extension le modèle proposé ci-dessus semble-t-il valide?
- Sachant que la longueur à vide de séparation entre deux paires de bases est de l'ordre de 3 pm, donner un ordre de grandeur de
k , la raideur d'une unique liaison covalente.
Partie II : Élasticité d'un long brin d' ADN (> 200 paires de bases)
de bases de longueur environ.
Les forces dites "entropiques" dues aux collisions avec les molécules environnantes (typiquement, des molécules d'eau) font que, en pratique, on observe, pour un brin d'ADN dont les deux extrémités sont séparées d'une distance

7. Quelle est la valeur moyenne
8. Quelle est, dans ce cas, la valeur moyenne
9. En envisageant une déformation unidimensionnelle, en déduire l'expression de la force élastique exercée par un brin d'ADN de longueur totale
Partie III : MANIPULATION DES MOLÉCULES D'ADN

.jpg)
10. On soumet cette bille à un champ électrique extérieur
11. On soumet cette bille à un champ magnétique extérieur
12. Quelle est la direction de propagation ainsi que la polarisation de cette onde de champ électrique?
- Donner l'expression de la moyenne temporelle de la force
F⃗_1 exercée sur la bille. - Donner l'expression de la moyenne temporelle de la dérivée d'une fonction périodique :
⟨(df)/(dt)⟩ . En déduire la valeur moyenne de la forceF⃗_2 exercée sur la bille. - Calculer l'intensité lumineuse
I(x, y, z) associée à ce champ électromagnétique. - En déduire que la force électromagnétique moyenne peut se mettre sous la forme :
17. Faire un schéma qui illustre l'orientation de la force électromagnétique moyenne exercée sur la bille, lorsqu'elle est dans un profil lumineux conforme à la figure 6.
Partie Informatique
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
Principe d'une mesure d'Élasticité d' ADN

18. Pour quel intervalle de déplacement de la bille
19. Quel est l'ordre de grandeur de la résolution de la mesure de

Fonctions de base :
20. Écrire une fonction somme(a) qui prend pour argument une liste et retourne la somme de ses éléments.
21. Écrire une fonction moyenne(a) qui prend pour argument une liste et retourne la moyenne de ses éléments.
22. Écrire une fonction variance(a) qui prend pour argument une liste et retourne la variance de ses éléments.
Méthode 1 : OSCILLATIONS FORCÉES DE LA BILLE DANS UN LIQUIDE


Pour faire une régression linéaire, on choisit donc :
- Montrer que:
- Écrire une fonction regression_lineaire(
x, y ) qui prend pour arguments deux listes d'abscissesx et d'ordonnées y et qui retourne les coefficientsa_0 eta_1 tels que définis ci-dessus. - Évaluer l'ordre de la complexité d'un appel à la fonction regression_lineaire en fonction de la taille des données
n . - Écrire un script qui permet de tracer la figure ci-dessus à partir de la liste des tensions
U et des fréquencesf correspondantes, les barres d'erreur ne sont pas à représenter.
27. Écrire une fonction traitement (a) qui prend pour argument une liste de liste de dimension
-
a = [a_0; ⋮; a_(m − 1)] les coefficients de la régression -
y = [y_0; ⋮; y_(n − 1)] etx = [x_0; ⋮; x_(n − 1)] les listes des données expérimentales, -
J = [f_0(x_0), …, f_(m − 1)(x_0); ⋮, ⋮; f_0(x_(n − 1)), …, f_(m − 1)(x_(n − 1))] la matrice "Jacobienne". -
V = [1/(v_0^2), ⋯, 0; ⋮, ⋮; 0, ⋯, 1/(v_(n − 1)^2)] est la matrice (diagonale) des poids,v_i étant la variance de la mesurey_i .
28. Écrire une fonction regression_lineaire_gen(
29. Évaluer l'ordre de la complexité d'un appel à la fonction regression_lineaire_gen() pour
Méthode 2 : ANALYSE DU MOUVEMENT BROWNIEN D'UNE BILLE PIÉGÉE
La force de Langevin
30. En transformant l'équation de Langevin dans le domaine de Laplace harmonique (à condition initiale nulles) avec
31. Montrer que

32. Écrire une fonction aire (
- On choisit d'initialiser
a_0 eta_1 à deux valeursa_(0, 0) eta_(1, 0) . - On choisit le pas
h de résolution ete_(rr) la condition d'arrêt du gradient. - On calcule de façon itérative les coefficients
a_0 eta_1 :
- L'algorithme s'arrête lorsque :
- Donner les expressions analytiques de
(∂G)/(∂a_0) et(∂G)/(∂a_1) . - Écrire les fonctions
G(f, a0, a1), dG_d a0(f, a0, a1) et dG_da1 (f, a0, a1 ) qui retournent respectivement la valeur deG, (∂G)/(∂a_0) et(∂G)/(∂a_1) en fonction de leurs arguments. - Donner les expressions analytiques de
(∂e)/(∂a_0) et(∂e)/(∂a_1) , en fonction de(∂G)/(∂a_0) et(∂G)/(∂a_1) et des données. - Écrire une fonction methode_gradient (
G, dG_d a0, dG_d a1, Su, f, h, a00, a10 , err) qui détermine et retourne les paramètres optimauxa_0 eta_1 . - En considérant que
i_T itérations sont nécessaires pour atteindre la condition d'arrêt de l'algorithme, donner la complexité de la méthode du gradient en fonction de la taillen des données expérimentales - Écrire une fonction force(Su,f, h, a00, a10) qui détermine et retourne la force exercée sur la bille.
Fin de l'énoncé
Documentation partielle
Fonction plot
matplotlib.pyplot.plot(*args, **kwargs)
plot(x, y) # plot x and y using default line style and color
plot(x, y, 'bo') # plot x and y using blue circle markers
plot(x, y, 'gs') # ditto, but with green square markers
plot(y) # plot y using x as index array 0..N-1
plot(y, 'r+') # ditto, but with red plusses
- xlabel(s) : écrit le contenu de la chaîne s comme étiquette des abscisses.
- ylabel(s) : écrit le contenu de la chaîne s comme étiquette des ordonnées.
- title(s) : écrit le contenu de la chaîne s comme titre du graphique.
- legend (L) : donne une légende au graphique. L doit être une liste de chaînes : L [0] est la légende de la première courbe, L[1] de la deuxième, etc.
Opérations de base sur les tableaux de type numpy :
- numpy .
array(u) crée un nouveau tableau contenant les éléments de la séquence u. La taille et le type des éléments de ce tableau sont déduits du contenu de u. - numpy.empty(
n , dtype), numpy.empty((n, m ), dtype) crée respectivement un vecteur àn éléments ou un tableau à n lignes etm colonnes dont les éléments, de valeurs indéterminées, sont de type dtype qui peut être un type standard (bool, int, float, . . .) ou un type spécifique numpy (numpy.int16, numpy.float32, ...). Si le paramètre dtype n'est pas précisé, il prend la valeur float par défaut. - numpy. zeros(n, dtype), numpy. zeros((n, m), dtype) fonctionne comme numpy.empty en initialisant chaque élément à la valeur zéro pour les types numériques ou False pour les types booléens.
- a.ndim nombre de dimensions du tableau a.
- a.shape tuple donnant la taille du tableau a pour chacune de ses dimensions.
- len (a) taille du tableau a dans sa première dimension, équivalent à a.shape [0]
- a.size nombre total d'éléments du tableau a.
- numpy.transpose(a) renvoie le transposé du tableau a.
- numpy.
dot(a, b) calcule le produit matriciel des tableaux a et b. - numpy.linalg.inv(a) renvoie l'inverse du tableau a, lève l'exception ValueError si a n'est pas un tableau carré à deux dimensions et LinAlgError si a n'est pas inversible.
Questions fréquentes
4 questionsSur quels chapitres porte le sujet de modélisation banque PT 2023 ?Afficher ou masquer la section
Questions fréquentes
4 questionsSur quels chapitres porte le sujet de modélisation banque PT 2023 ?
Le sujet porte sur la mécanique du point, les forces entropiques, l'optique et le traitement numérique de données, à travers l'étude de l'élasticité de l'ADN et des pinces optiques.
Le sujet de modélisation banque PT 2023 est-il difficile ?
Le rapport indique que la partie physique n'a globalement pas été traitée avec succès, le calcul vectoriel faisant défaut à de nombreux candidats, contrairement à la partie informatique mieux réussie.
Quelles erreurs le jury a-t-il le plus relevées sur ce sujet de modélisation PT 2023 ?
Le jury signale un formalisme vectoriel peu adopté pour les forces élastiques, une analogie électronique souvent erronée, et l'oubli fréquent des unités dans les questions de calibration.
Ce sujet de modélisation banque PT 2023 est-il équilibré entre physique et informatique ?
Il comporte deux parties de durées conseillées différentes (1h30 pour la physique, 2h30 pour l'informatique), et le rapport note que la partie informatique est généralement mieux réussie.
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